ไมอาเกิดที่โรงพยาบาลเซนต์กาโรลุส ซึ่งเป็นโรงพยาบาลคาทอลิกในกรุงจาการ์ตา ประเทศอินโดนีเซีย[2] เป็นบุตรสาวของแอนน์ ดันแฮม นักมานุษยวิทยาวัฒนธรรมชาวอเมริกัน กับโลโล ซูโตโร นักธุรกิจชาวอินโดนีเซีย และเป็นน้องสาวต่างบิดาของบารัก โอบามา ประธานาธิบดีสหรัฐคนที่ 44 เธอกล่าวว่าชื่อตั้งตามมายา แองเจอโล (Maya Angelou) กวีหญิงชาวอเมริกัน[3]

ทั้งบารักและไมอาใช้ชีวิตไปมาระหว่างฮาวายกับอินโดนีเซียหลายปี ก่อนที่แม่จะตัดสินใจเลือกไปใช้ชีวิตที่อินโดนีเซียกับเธอ[1] แต่หลังการหย่าร้างของพ่อแม่ โลโลสมรสใหม่ ไมอาจึงมีน้องต่างแม่อีกสองคนคือ ยูซุฟ อาจี ซูโตโร (เกิด ค.ศ. 1981) และราฮายู นูร์ไมดา ซูโตโร (เกิด ค.ศ. 1984)[4]

ขณะที่ยังอยู่ในอินโดนีเซีย เธอเรียนในรูปแบบการจัดการศึกษาในครอบครัวโดยมีมารดาเป็นผู้สอน และเคยเข้าเรียนโรงเรียนนานาชาติจาการ์ตาช่วง ค.ศ. 1981–1984[5] ต่อมาเธอย้ายกลับไปฮาวายและเข้าเรียนที่โรงเรียนปูนาโฮอูในโฮโนลูลูที่เดียวกับบารักพี่ชาย[6] จนสำเร็จการศึกษาใน ค.ศ. 1988[7]

เธอสำเร็จการศึกษาศิลปศาสตรบัณฑิตจากวิทยาลัยบาร์นาร์ดแห่งมหาวิทยาลัยโคลัมเบีย[8] สำเร็จการศึกษาศิลปศาสตรมหาบัณฑิตด้านการศึกษาภาษา และอักษรศาสตรมหาบัณฑิตด้านการศึกษาระดับมัธยมจากมหาวิทยาลัยนิวยอร์ก[9] และในปี ค.ศ. 2006 ได้รับปรัชญาดุษฎีบัณฑิตด้านการศึกษานานาชาติเปรียบเทียบจากมหาวิทยาลัยฮาวาย มาโนอา[10]